Seus problemas acabaram com o Fighter Factory é possivel reverter esse mal.
1° passo abra o sff que você quer refazer a paleta pode abrir o char inteiro.

2° agora vá ao menu sprite e exportar spriter.

3° Na janela que aparecer escolha o formato Fighter Factory.

4° escolha o lugar para salvar as imagens que serão exportadas

5° Agora que exportamos todas as imagens vamos Abrir o editor de paletas.
No editor de paletas comece a montar uma nova paleta abrindo as imagens do lado Direito e enviando as cores para o lado esquerdo.

6° O editor de paletas é facil de se mexer só selecionar as cores que você quer enviar e no outro lado selecionar onde voc~e quer que ela fique.
Como vocês podem ver na imagem abaixo eu mesmo joguei as cores do lado direito para o esquerdo em lugares totalmente aleatorios .

7° Agora salve essa nova paleta clicando no icone salvar paleta de o nome que você achar melhor.
Agora vou abrir as imagens no inserir paletas do editor de paletas, selecione todas as imagens que exportamos para inserir a nova paletas.

8° Agora que já abrimos todas as imagens marque a opção usar o mesmo nome.

9° Clique agora no botão inserir Paletas, vai pedir a pasta para salvar as imagem como vai usar o mesmo nome digite 0 só para abilitar o botão salvar.
clique em salvar e espere o processo terminar.

10° Pronto como você podem ver na imagem abaixo eu abri a imagem com a nova paleta do lado direito e já está com a nova paleta com as informações de cores corretas.

























